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考古研究所成立于1950年8月1日，是中國科學院建院伊始組建的研究所之一，后屬中國科學院哲學社會科學部，1977年改屬中國社會科學院。基本任務是，在馬克思主義的指導下，以田野考古為基礎，應用包括自然科學技術手段在內的各種方法，并結合古代文獻，揭示史前及各歷史時期不同類型文化遺存的內涵、特征、性質及其相互關系，進而對古代的政治、經濟、文化、社會進行全方位的考古學研究，探討古代社會發展演變的進程和規律。同時，開展對古代文化遺產的保護研究。歷任所長為鄭振鐸(1950年)、尹達(1959年)、夏鼐(1962年)、王仲殊(1982年)、徐蘋芳(1988年)、任式楠(1992年)、劉慶柱(1998年)、王巍(2006年)。

建所之初的研究人員，主要是原中央研究院歷史語言研究所和原北平研究院史學研究所的一部分成員，以及新增加的幾位年輕學者。至1958年發展至300余人，1985年為200余人。現有人員158人，其中研究員43人，副研究員41人; 39人有博士學位，38人有碩士學位。

60年來，考古研究所先后在全國31個省、直轄市、自治區及香港和澳門特別行政區的200多個市、縣開展田野考古工作。1977年以前，為開拓新中國的考古事業，建立中國考古學學科體系，承擔著全國各地的學術性考古發掘與研究任務，發掘了陜西西安半坡、河南陜縣廟底溝、湖北京山屈家嶺、青海樂都柳灣、河南偃師二里頭、河南安陽殷墟、陜西扶風與岐山周原、陜西西安豐鎬、河南洛陽東周城、陜西西安漢長安城、河北滿城漢墓、河北臨漳曹魏鄴城、河南洛陽漢魏故城、陜西西安隋大興唐長安城、河南隋唐洛陽城、江蘇唐宋揚州城、北京元大都、內蒙古巴林左旗遼祖陵陵園、北京明定陵等一大批能夠充分說明距今7000年至元明時期歷史文化面貌的重要遺址及陵墓。同時還為各地培養了大批考古發掘、研究人員，曾與中央文化部共同支持北京大學歷史系創辦考古專業，又于1952～1955年與文化部、北京大學聯合舉辦了4期全國考古工作人員訓練班，培訓考古工作人員369人。

1977年以來，圍繞舊石器時代向新石器時代過渡、農業起源與發展、中國史前史的研究、中國文明的起源與發展、夏商周三代歷史與文化、中國古代城市的發展、中國封建帝國的形成與發展特點、中國古代手工業的產生與發展、以及中外古代文化交流等，開展了一系列的田野工作，在大規模的考古調查的基礎上，選擇近200處涉及中國歷史重大課題的大遺址和都城址，以及大型墓葬與王陵，進行持續的大規模發掘，填補了許多研究空白。歷年來取得的豐富收獲在已經建立的中國考古學學科體系中居于顯著位置。1994年以來，還先后與美國、加拿大、日本、韓國、德國、英國、瑞典、法國、俄羅斯、澳大利亞等國家的考古研究部門和高校合作開展中國田野考古工作。2000、2002年又派遣考古發掘隊前往德國、俄羅斯等國家參加田野考古工作。與20多個國家的學術機構開展學術交流，接待外國學者來訪千余人次，派出百余人次赴國外講學、考察。用發掘出土的反映各個歷史時期文化特征、工藝技術與科學水平的精美文物，支援國家博物館及有關地方博物館的基本陳列，參加我國在歐、美、日本舉辦的大型文物展覽;并以本所的發掘研究成果，先后在日本單獨舉辦了“中國王朝的誕生展”、“興盛的漢王朝文物展”、“遣唐史所見中國文化展”等專題文物展覽。

在夏鼐的倡導與影響下，考古研究所歷來注重自然科學技術在考古學中的應用、圖書資料基礎建設和學術刊物與專刊的編輯出版。1959年建立中國第一個碳十四年代測定實驗室，20世紀60年代初建立中國考古文博界第一個常量分析化學實驗室，目前在中國科技考古領域中已具備較為雄厚的技術力量、較先進的儀器設備、較全面的研究手段和較強的研究能力，整體實力處于全國領先地位;1995年組建考古科技實驗研究中心，又開拓了許多新的研究領域。所藏各種圖書24萬冊，形成我國考古學圖書品類齊全的考古學文獻資料中心。主辦的《考古學報》、《考古》等期刊，在學術界享有很高的聲譽。自2000年創辦的《中國考古學》(英文版)是我國目前唯一的一種英文考古雜志。編輯出版各種專刊近200種，其中近百種是本所的研究成果，數十種科研成果獲國家級或省部級優秀科研成果獎。

考古研究所正在致力于充分發揮其作為中國考古學的學術研究中心、科技考古實驗研究中心、考古資料信息中心、中國考古學對外學術交流中心的作用，努力建設成為學科門類齊全、研究領域廣闊、研究手段先進、學術成果豐碩、學術人才眾多的國際著名的考古學研究機構。

考古研究所現在下設的業務機構有：史前考古研究室、夏商周考古研究室、漢唐考古研究室、邊疆民族考古研究室、考古科技實驗研究中心、文化遺產保護研究中心、考古資料信息中心、考古雜志社。另在西安設有研究室，在洛陽和安陽設有工作站。主管的非實體研究中心有中國社會科學院古代文明研究中心、邊疆考古研究中心、外國考古研究中心、公共考古中心等，掛靠的學術團體有中國考古學會。